
Mozart tuvo problemas de salud a lo largo de su vida, sufriendo por épocas la viruela, amigdalitis, bronquitis, neumonía, fiebre tifoidea, reumatismo y periodontitis. Su enfermedad final comenzó durante una visita a Praga (partiendo de Viena el 25 de agosto de 1791) para supervisar la representación de su nueva ópera La clemenza di Tito. La visita fue francamente exitosa en términos profesionales, pero Mozart comenzó a sentirse seriamente enfermo. Uno de sus primeros biógrafos, Franz Niemetschek, escribió: "estaba pálido y tenía una expresión de tristeza, aunque a menudo mostraba su buen humor con bromas a sus amigos".
Después de su vuelta a Viena, el estado de salud de Mozart empeoró gradualmente. Por un tiempo, todavía pudo trabajar. En particular, terminó su Concierto para clarinete, trabajó para completar su Réquiem (un encargo anónimo del Conde Walsegg, que quería hacerlo pasar como una composición propia, recibido por un mensajero misterioso cuyo nombre era al parecer Franz Anton Leitgeb) y dirigió el estreno de la representación de La flauta mágica el 30 de septiembre. Pero él estaba cada vez más alarmado y abatido por su estado de salud, probablemente incluso desilusionado. En la primera biografía de Niemetschek se relata una anécdota famosa de su mujer Constanze:
En su vuelta a Viena, se incrementó visiblemente su indisposición y lo hizo estar terriblemente deprimido. Su esposa estaba realmente apenada por ello. Un día iba paseando por el Prater con él, para darle una pequeña distracción y entretenimiento y, estando sentados, Mozart comenzó a hablar de la muerte y afirmó que estaba escribiendo el Réquiem para sí mismo. Las lágrimas comenzaron a caer por los ojos del sensible hombre: "Siento definitivamente", continuó, "que no estaré mucho más tiempo; estoy seguro que he sido envenenado. No puedo librarme de esta idea".
Constanze consultó con el médico de Mozart, el doctor Nicolaus Closset, quien le aconsejó que le retirara el Réquiem a su marido por una temporada. Así lo hizo Constanze y lo animó a que terminara Freimaurerkantate, K. 623, compuesta para celebrar la inauguración de un nuevo templo masónico de la logia de Mozart. Esta estrategia funcionó realmente durante un tiempo: terminó la cantata y fue estrenada el 18 de noviembre con gran éxito y se sentía "eufórico" (según Solomon). Le dijo a Constanze, "Sí, ya veo que estaba enfermo cuando tuve la idea absurda de haber sido envenenado, devuélveme el Réquiem y lo terminaré". Sin embargo, los peores síntomas de Mozart volvieron pronto, junto con el fuerte sentimiento de que seguía siendo envenenado. Cayó postrado en cama el 20 de noviembre, sufriendo hinchazón, dolores y vómitos.
Fallecimiento

Mozart fue cuidado por los miembros de la familia de su esposa, con quienes tenía una estrecha relación, y por el doctor Nicolaus Closset. Su suegra, Cëcilia Weber y su cuñada Sophie le hicieron una chaqueta de noche "que se podía poner por encima, ya que, debido a su estado de hinchazón, no podía girarse en la cama".
El lunes 5 de diciembre de 1791, aproximadamente a las doce de la madrugada, llegó el doctor Closset de la ópera y ordenó que se pusiesen compresas frías sobre la frente para bajarle la fiebre (a pesar de que Sophie se mostró reacia a hacerlo, puesto que pensaba que no sería bueno para el enfermo el cambio tan brusco de temperatura), lo que hizo tanto efecto en él que perdió el conocimiento, que no volvió a recuperar hasta su muerte. Según Sophie, los últimos suspiros de Mozart fueron "como si hubiera querido, con la boca, imitar los timbales de su Réquiem".
A la una menos cinco minutos de la madrugada, Mozart falleció en Viena en su apartamento de la Rauhensteigasse, siendo amortajado según el ritual masónico (manto negro con capucha).
Funeral y entierro

Los preparativos del funeral fueron llevados a cabo por el amigo y patrón de Mozart el barón Gottfried van Swieten. Aconsejada por sus asesores y debido a su precaria situación económica, Constanze aceptó un entierro de tercera categoría, con un coste de ocho florines con cincuenta y seis kreutzer (más un suplemento de tres florines para el coche fúnebre), lo usual para miembros de la burguesía media. Fue enterrado al anochecer, siendo trasladado el féretro en coche de caballos hasta el cementerio de St. Marx en Viena, en el que recibió sepultura en una tumba comunitaria simple (no en una fosa común). El tiempo que hacía aquella noche era suave y tranquilo, no tormentoso como se ha pensado erróneamente. El biógrafo Otto Jahn afirmó en 1856, al entierro asistieron Antonio Salieri, Franz Xaver Süssmayr, Gottfried van Swieten y otros dos músicos.
Al parecer, el día 10 de diciembre tuvo lugar una ceremonia en memoria de Mozart en la iglesia de San Miguel, sede de la Congregación de Santa Cecilia de los músicos de la corte, donde se interpretaron fragmentos del Réquiem (concretamente, el Introitus y el Kyrie eleison).
Período posterior
La escasa afluencia de público al entierro de Mozart no reflejó su categoría como compositor, ya que los funerales y conciertos en Viena y Praga contaban con mucha afluencia. Constanze se recuperó pronto de su desesperación y con energía se centró en la tarea de asegurar financieramente a su familia (los Mozart tenían dos hijos jóvenes y Wolfgang había muerto con considerables deudas). Apeló exitosamente al Emperador para que le otorgaran una pensión de viudedad (Mozart había servido al Emperador a tiempo parcial como compositor de cámara) y organizó una serie de conciertos con música de Mozart, además de publicar muchas de las obras de su marido. Estos esfuerzos surtieron efecto y por un tiempo Constanze se aseguró, incluso llegó a tener bastante dinero.La tradición de la biografía de Mozart comenzó pronto después de la muerte del compositor. Friedrich Schlichtegroll escribió una de las primeras (basada en la información de Nannerl, hermana de Wolfgang), como hizo Franz Niemetschek (que trabajó con Constanze). Mucho después, en 1826, Constanze ayudó a su segundo marido Georg Nikolaus von Nissen a elaborar una biografía más detallada.La reputación musical de Mozart creció rápidamente después de su muerte; Solomon describe una "ola de entusiasmo sin precedentes" por su obra y muchos editores compitieron para publicar las ediciones completas de sus obras.